Az antibiotikum-használattal összefüggő hasmenések leggyakoribb kórokozója a toxintermelő C. diff. Ezért ha a beteg korábban antibiotikum-kezelésben részesült, valamint más, jól ismert hajlamosító tényezővel rendelkezik, a klinikusnak minden hasmenésben szenvedő beteg esetében gondolnia kell a C. diff.-fertőzés lehetőségére. Probiotikumok alkalmazásával a hasmenés gyakorisága szignifikánsan csökkenthető, ugyanakkor nem hagyható figyelmen kívül a bakteriális probiotikumok antibiotikum-rezisztenciája sem.

A legfrissebb kutatási eredmények szerint az optimális gasztrointesztinális mikrobapopuláció fenntartását és helyreállítását segítő probiotikumok a már jól ismert terápiás területek (antibiotikum-terápiával összefüggő hasmenés, C. difficile-infekció, akut gastroenteritis) mellett a gyulladásos bélbetegségek és a funkcionális gasztrointesztinális betegségek kezelésében, továbbá a gyomor-bél rendszeri műtétek szövődményeinek kivédésében és az elhízás megelőzésében is szerepet kaphatnak.